峨眉派换了新的掌门，是带艺半路投身进峨眉的男弟子独孤一鹤。自从张无忌和赵敏远走海外后，周芷若的心情就很不美丽。可正逢乱世，考虑到峨眉派的处境，她不得不把张无忌放在了脑后，全身心投入到峨眉派保存下去的工作之中。
周芷若的天赋很高，无论是武学方面，还是内政方面。峨眉派在周芷若的带领下，组织起了一支不算小的义军，保护普通百姓、对抗蒙元，在天下大定后，便解散了义军，专心做着武林门派的事，不掺和其他。
中原大地战火延绵数载，诸多门派消失，许多幸存下来的武林人士改投了其他尚存的门派，比如投入峨眉派的独孤一鹤。在灭绝师太掌权前，峨眉派是收男弟子的，但是自从灭绝师太的师兄兼心上人孤鸿子因杨逍而死后，她便不再收男弟子了。时间久了，峨眉派就变成了全是女子的门派。
周芷若继任掌门之位后，各地方不满元朝统治，纷纷揭竿而起。在这种环境下，峨眉派也顺应时势，组织了义军。义军当然是要招募男人的，这些男人中也有不少是有些武艺的江湖人。
明朝建立后，没有更大野心的门派都解散了义军，峨眉派也不例外。这些义军中，有一些不愿离开的江湖人，品行不错的，就被门派所接纳，成为带艺改投的新弟子，独孤一鹤就是其中一员。
这时的周芷若不过二十多岁、不到三十的年纪，就成为了比她年龄大上不少的独孤一鹤的师父。在发现独孤一鹤没有废弃入门之前的刀法，并很巧妙的将刀法与峨眉剑法进行融合，新创出了一套“刀剑双杀”。虽然只是雏形，却也可以看出完成后的威力。
天下初定，又收了一个还算不错的徒弟，周芷若很干脆的卸下了担子，将掌门之位传给了独孤一鹤。